治疗口腔溃疡的药物有多种，常见的局部用药如西瓜霜喷剂，一般使用后能在数小时内缓解疼痛，促进创面愈合。
局部外用药
含漱剂： 氯己定含漱液是比较常用的，它可以起到杀菌消炎的作用，能抑制口腔内的细菌生长，帮助减轻口腔溃疡部位的炎症反应，一般每天含漱数次即可。凝胶类药物： 复方苯佐卡因凝胶有止痛的效果，能快速缓解口腔溃疡带来的疼痛不适，让患者感觉舒适些，但要注意儿童使用需谨慎，避免误吞等情况。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶： 它可以促进口腔溃疡创面的表皮细胞生长，加速创面的愈合，通常直接涂抹在溃疡面上，使用后能看到创面逐渐修复的过程。维生素类药物： 维生素B2片等，从补充营养的角度来帮助促进口腔黏膜的修复，因为缺乏维生素B等可能会引发口腔溃疡，适当补充能起到一定的辅助治疗作用，但要在医生指导下合理服用。
中药类药物
冰硼散： 这是传统的治疗口腔溃疡的中药制剂，具有清热解毒、消肿止痛的功效，将其撒在溃疡面上能缓解疼痛，促进溃疡愈合。不过使用时要注意避免接触到眼睛等敏感部位，而且儿童使用时要格外小心，防止误吸等。锡类散： 同样属于中药范畴，对口腔溃疡也有一定的治疗作用，能改善口腔溃疡引起的红肿、疼痛等症状，帮助创面恢复。
全身用药
免疫调节剂： 对于一些反复发生口腔溃疡且与免疫因素相关的患者，可能会用到免疫调节剂，如转移因子口服液等，它可以调节机体的免疫功能，减少口腔溃疡的复发频率，但这类药物的使用需要医生根据患者具体的免疫情况来决定是否使用以及如何使用。维生素C片： 口服维生素C片也有辅助治疗口腔溃疡的作用，因为维生素C能参与机体的多种代谢过程，对维持黏膜的正常功能有帮助，一般可以按照正常的剂量服用，但也不能过量服用。