三个月宝宝拉肚子，可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的治疗方法：
1.调整饮食：如果是母乳喂养的宝宝，妈妈的饮食可能会影响宝宝的肠道。妈妈可以尝试避免食用油腻、辛辣、刺激性食物，以及高糖、高脂肪的食物。如果是人工喂养的宝宝，可以尝试更换奶粉品牌或调整奶粉冲泡比例。
2.注意卫生：宝宝的餐具、玩具等要经常清洗消毒，保持宝宝的个人卫生，以预防感染。
3.补充水分：拉肚子可能会导致宝宝脱水，因此要注意给宝宝补充足够的水分。可以给宝宝喝适量的白开水、口服补液盐等。
4.药物治疗：如果宝宝拉肚子的情况比较严重，可以在医生的指导下使用一些药物，如蒙脱石散、双歧杆菌四联活菌片等。这些药物可以缓解宝宝的拉肚子症状，同时还可以调节宝宝的肠道菌群。
5.就医治疗：如果宝宝拉肚子的情况持续时间较长，或者伴有其他症状，如发热、呕吐、腹痛等，应及时就医。医生会根据宝宝的具体情况进行诊断，并给出相应的治疗方案。
需要注意的是，在给宝宝使用任何药物之前，都应该先咨询医生的意见，按照医生的建议使用药物。同时，要密切观察宝宝的病情变化，如果宝宝的症状加重或出现其他异常情况，应及时就医。