乙型脑炎后遗症可能出现多种症状表现。一般来说，部分患者会有运动功能障碍，比如肢体瘫痪，有的是单侧肢体，有的是双侧肢体，大约有30%左右的后遗症患者会存在不同程度的肢体运动问题。
神经系统方面的后遗症
智力障碍： 有些患者会出现不同程度的智力减退，表现为记忆力下降、学习能力变差等。轻度的智力障碍可能只是在学校学习成绩不如以前，严重的可能生活自理能力也会受到影响。癫痫发作： 约有10% - 30%的乙型脑炎后遗症患者会出现癫痫症状，发作形式多样，可能是全身性大发作，也可能是局部性发作，发作时患者会突然意识丧失、抽搐、口吐白沫等。
精神行为方面的后遗症
性格改变： 部分患者会出现性格上的明显变化，比如原本性格温和的人变得暴躁、易怒，或者原本活泼开朗的人变得沉默寡言、孤僻。情绪异常： 可能会出现情绪不稳定，容易焦虑、抑郁等，有的患者会长时间处于情绪低落状态，对周围事物缺乏兴趣。
其他方面的后遗症
吞咽困难： 少数患者会有吞咽困难的情况，进食时容易出现呛咳，这是因为脑部受损影响了吞咽相关的神经功能。语言障碍： 有的患者会出现语言表达困难或者理解困难，表现为说话不清楚，或者听不懂别人说的话等。比如说话含糊不清，或者别人说的话要反复才能理解其含义。