巧克力囊肿多大需要手术，这主要取决于囊肿的症状、大小、生长速度以及患者的年龄、生育需求等因素。一般来说，当囊肿大于5厘米，或者出现明显的症状，如痛经、性交痛、月经失调等，或者囊肿在短期内迅速增大时，医生会建议手术治疗。
对于有生育需求的年轻患者，手术治疗的目的主要是去除囊肿，恢复卵巢功能，提高受孕率。手术方式包括腹腔镜手术和开腹手术，医生会根据患者的具体情况选择合适的手术方式。
对于绝经后女性，如果囊肿持续存在或长大，或者出现恶变的迹象，也需要手术治疗。
需要注意的是，巧克力囊肿的治疗需要综合考虑多种因素，患者应在医生的指导下进行个体化的治疗方案选择。如果对巧克力囊肿的治疗有疑问，建议及时咨询医生，以便获得更专业的建议和指导。