头孢类药物在临床上应用广泛，但也可能出现不良反应。据统计，约有5% - 10%的人使用头孢后会出现不同程度的不良反应。
过敏反应方面
皮肤过敏表现： 可能出现皮疹，轻者为散在的小红点，重者可发展为大片的荨麻疹。还可能有瘙痒感，这是比较常见的过敏症状之一。严重过敏反应： 少数人会出现过敏性休克，这是非常危急的情况，表现为血压急剧下降、呼吸困难、面色苍白、意识丧失等，需要立即抢救。
胃肠道反应方面
恶心呕吐： 部分人使用头孢后会感到恶心，严重时可能出现呕吐症状，一般在用药后较短时间内出现。腹泻： 有些患者会出现腹泻，大便次数可能增多，每日可达3 - 5次不等，大便性状可能为稀便甚至水样便。
血液系统反应方面
白细胞减少： 少数人使用头孢后可能会出现外周血液中的白细胞数量减少，这可能会使人体的抵抗力下降，容易发生感染等情况。血小板减少： 个别患者还可能出现血小板减少，导致凝血功能受到一定影响，可能表现为皮肤瘀点、瘀斑等。
肝肾功能影响方面
肝功能异常： 长期或大剂量使用头孢类药物可能会对肝脏功能产生影响，表现为血清转氨酶升高等，通过肝功能检查可发现相关指标异常。肾功能影响： 对于肾功能不全的患者，使用某些头孢类药物可能会加重肾脏负担，导致肌酐等肾功能指标出现变化，不过正常肾功能人群一般影响较小，但也需要密切关注。