早上起来痰是褐色可能由多种原因引起。比如，长期吸烟的人，烟草中的有害物质刺激呼吸道，可能导致呼吸道黏膜出血，从而使痰呈现褐色，有数据显示，长期吸烟者患呼吸系统疾病且痰液异常的概率比不吸烟者高很多。
一、环境因素导致
空气污染影响： 如果所处环境空气中粉尘、烟雾等污染物较多，这些物质被吸入呼吸道后，可能附着在痰液中，使痰变为褐色。例如在工业污染严重的地区，居民晨起痰褐色的情况相对较多。室内干燥问题： 室内空气过于干燥时，呼吸道黏膜容易干裂出血，血液混合在痰液中就会使痰呈褐色。尤其是在冬季使用暖气或空调时，室内湿度较低，更易出现这种情况。一般室内相对湿度保持在40% - 60%较为适宜，低于30%就可能增加呼吸道黏膜干裂出血风险。
二、呼吸道疾病引发
肺炎情况： 肺炎患者肺部有炎症，炎症刺激会导致黏膜充血、水肿，甚至少量出血，进而使痰液呈褐色。细菌性肺炎是比较常见的类型，患者除了痰褐色外，还可能伴有发热、咳嗽、胸痛等症状。支气管扩张状况： 支气管扩张患者的支气管壁结构遭到破坏，血管容易破裂出血，血液与痰液混合后痰就会呈褐色。这类患者往往会反复咳嗽、咳痰，痰量较多，有时还能听到肺部有湿啰音。
三、其他身体状况导致
鼻腔出血倒流： 鼻腔出血后，血液可能倒流至咽喉部，随痰液咳出，从而使痰呈现褐色。比如有鼻炎的人，鼻腔黏膜比较脆弱，容易出血，就可能出现这种情况。心血管疾病影响： 某些心血管疾病，如左心衰竭，会导致肺淤血，进而引起肺泡和支气管黏膜出血，使痰呈褐色。左心衰竭患者除了痰褐色外，还会有呼吸困难、端坐呼吸等表现，活动后症状往往会加重。