根据你提供的信息，跑步时小腿内侧骨头疼可能有以下原因：
1.胫骨内侧应力综合征：这是一种常见的跑步相关损伤，由于小腿肌肉过度使用或疲劳导致。疼痛通常在胫骨内侧出现，尤其在跑步时或用力蹬地时更明显。
2.内侧副韧带损伤：内侧副韧带是连接小腿骨和大腿骨的重要结构，当受到过度拉伸或扭伤时，可能会引起疼痛和肿胀。
3.疲劳骨折：在跑步过程中，小腿骨（如胫骨）可能会承受重复的压力和冲击力，如果长期过度使用或存在骨骼结构问题，可能导致疲劳骨折。
4.其他原因：其他可能导致小腿内侧骨头疼的原因包括平足、足内翻、肌肉拉伤、肌腱炎等。
针对这种情况，可以采取以下措施：
1.休息：停止跑步，给小腿足够的时间恢复。避免过度使用受伤的部位。
2.冷热敷：在疼痛发作时，可以先冷敷15-20分钟，然后再热敷15-20分钟，每天多次。冷敷可以减轻炎症和肿胀，热敷可以缓解疼痛和肌肉紧张。
3.按摩：轻轻按摩小腿肌肉，帮助放松和缓解紧张。
4.拉伸：进行小腿肌肉的拉伸运动，有助于增加柔韧性和减少肌肉紧张。
5.物理治疗：可以考虑接受物理治疗，如电疗、超声、冲击波等，以促进恢复。
6.药物治疗：可以使用非甾体类抗炎药（如布洛芬）来缓解疼痛和减轻炎症。
7.强化训练：在恢复期间，可以进行一些针对小腿肌肉的强化训练，以增强肌肉力量和稳定性。
8.注意姿势：保持正确的跑步姿势，避免过度内旋或外旋。选择合适的跑鞋也很重要。
9.逐渐恢复：在疼痛缓解后，逐渐增加跑步的强度和距离，避免再次受伤。
如果疼痛持续不缓解、加重或出现其他症状，如肿胀、麻木、无力等，建议及时就医。医生可能会进行进一步的检查，如X光、磁共振成像（MRI）等，以确定具体的病因，并制定相应的治疗方案。
需要注意的是，每个人的情况可能不同，因此治疗方法应根据个体情况进行调整。如果对疼痛的原因和治疗有任何疑问，最好咨询专业的医生或物理治疗师的建议。此外，预防措施也非常重要，包括充分热身、逐渐增加跑步强度、保持良好的跑步姿势、选择合适的跑鞋等。