喝益生菌拉肚子可能是多种原因导致的。一般来说，可能是个体对益生菌的暂时不适应等情况引起，比如部分人在开始服用益生菌的前几天可能出现短暂的肠道反应导致拉肚子。
个体差异导致的肠道适应期
肠道菌群调整阶段： 每个人的肠道菌群构成不同，当摄入外源性益生菌时，肠道菌群需要一定时间来重新平衡。可能在开始服用益生菌的1 - 2天内，肠道菌群还在适应新加入的菌株，从而出现肠道蠕动加快，导致拉肚子的情况。比如一些本身肠道菌群相对脆弱的人，更容易在初期出现这种反应。敏感体质因素： 有些人群属于肠道敏感体质，即使是正常的益生菌摄入，也可能刺激肠道，引发肠道的应激反应，表现为拉肚子。这类人群相对来说对益生菌的耐受性较差，更容易在喝益生菌后出现肠道不适。
益生菌本身的因素
菌株特性影响： 不同的益生菌菌株特性不同。有些益生菌菌株可能对于部分人群来说，在调节肠道功能时，初期会引起肠道的短暂不适应。例如某些具有较强调节肠道蠕动功能的菌株，可能在开始服用时，会让肠道蠕动速度改变，进而导致拉肚子。活菌数量及活性问题： 如果益生菌产品中的活菌数量不稳定或者活性不够，也可能导致喝了之后拉肚子。比如在储存过程中温度不合适等原因，影响了益生菌的活性，当活性降低的益生菌进入肠道后，不能很好地发挥正常的调节作用，就可能引起肠道功能紊乱，出现拉肚子现象。
服用方式不当
服用剂量不合适： 服用益生菌时剂量不合适也可能导致拉肚子。如果服用剂量过大，超出了肠道正常的适应范围，肠道就可能出现过度反应，引发拉肚子。比如本来适合小剂量服用的人群，错误地服用了较大剂量的益生菌，就容易出现这种情况。服用时间不对： 服用益生菌的时间不当也可能引起拉肚子。例如在空腹状态下服用益生菌，胃酸可能会影响益生菌的活性，使得益生菌到达肠道时活性降低，不能正常发挥调节肠道的作用，从而导致肠道功能紊乱，出现拉肚子现象。比如早上空腹就服用益生菌，就可能因为胃酸的影响而出现这种情况。