月经干净第二天同房出血，可能与以下因素有关。
1.子宫颈病变：子宫颈息肉、子宫颈癌等，可导致接触性出血。
子宫颈息肉：是子宫颈管腺体和间质的局限性增生，并向子宫颈外口突出形成息肉。多为良性病变，但也有恶变的可能。常表现为性生活或妇科检查后阴道出血。
子宫颈癌：是最常见的妇科恶性肿瘤。早期多无明显症状，随着病情进展，可出现阴道流血、阴道排液、尿频、尿急、便秘等症状。
2.子宫内膜病变：子宫内膜息肉、子宫内膜癌等，也可导致同房后出血。
子宫内膜息肉：是子宫内膜局部过度增生所致，多为良性病变，但也有恶变的可能。常表现为月经间期出血、性交后出血等。
子宫内膜癌：多发生于绝经后女性，早期可无明显症状，随着病情进展，可出现阴道流血、阴道排液、下腹疼痛等症状。
3.阴道炎：阴道炎可导致阴道黏膜充血、水肿，性生活时摩擦可导致出血。
4.盆腔炎：盆腔炎可导致子宫内膜充血、水肿，性生活时刺激可导致出血。
5.其他：节育环移位、阴道损伤等也可导致同房后出血。
如果出现月经干净第二天同房出血，建议及时就医，进行相关检查，如妇科检查、B超、宫颈癌筛查等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，应注意个人卫生，避免性生活，以免加重病情。