连续三个月吃了两次紧急避孕药，可能会导致内分泌紊乱、月经失调，并增加宫外孕的风险。
紧急避孕药含有大量孕激素，频繁服用可能会打破体内激素平衡，影响内分泌功能。这可能导致月经提前或推迟、经量异常、经期延长等月经失调症状。此外，紧急避孕药并不能100%避孕，且避孕效果也不是永久性的。如果在服药后仍有性行为而未采取其他避孕措施，仍有怀孕的可能。同时，频繁服用紧急避孕药还可能增加宫外孕的风险，因为它可能会影响输卵管的正常蠕动和受精卵的正常着床。
需要注意的是，每个人的身体对药物的反应可能不同，有些人可能不会出现上述所有症状。但为了自身健康，应尽量减少紧急避孕药的使用，遵循药品说明书上的指导，按照规定的剂量和时间服用。同时，还应注意其他避孕方法，如使用避孕套、宫内节育器等，以更好地保护自己。如果出现月经紊乱等异常情况，应及时就医，以便进行适当的治疗和调理。此外，如果对避孕方法有任何疑问或需要更多信息，建议咨询医生或专业的医疗机构。