婴儿乳糖不耐有一定自愈可能性，多数婴儿随年龄增长，肠道发育逐渐完善，乳糖酶活性会慢慢恢复，乳糖不耐受情况可能在数月到数年内自行缓解，但具体自愈时间因个体差异而异。
先天性乳糖不耐受
先天性乳糖不耐受较为罕见，是由于乳糖酶基因缺陷导致，一般不会自愈，需通过特殊无乳糖或低乳糖配方奶喂养来满足营养需求。
原发性乳糖不耐受
多因婴儿自身乳糖酶活性暂时性低下引起，随着婴儿消化系统发育，通常在1 - 2岁左右可能自愈，但也有个体差异，部分婴儿可能稍晚些。
继发性乳糖不耐受
常因肠道感染等疾病导致肠道黏膜受损，暂时影响乳糖酶分泌而出现乳糖不耐受，在原发疾病治愈后，随着肠道黏膜修复，乳糖不耐受情况有可能自愈，一般原发疾病恢复后数周内可能逐渐改善。
婴儿乳糖不耐受的观察与护理
若婴儿乳糖不耐受症状较轻，可密切观察，注意观察婴儿大便情况、生长发育等。同时，母乳喂养的婴儿，母亲要注意饮食中乳糖摄入；配方奶喂养的婴儿，可在医生指导下选择合适的乳糖酶添加或无乳糖配方奶等，以保证婴儿营养摄入，促进健康成长。