月经干净第二天同房一般不会怀孕，但也不是绝对的。
月经周期规律的女性，排卵通常发生在下次月经来潮前14天左右，排卵前后4-5天为易受孕期，此期以外的其他时间为安全期。但排卵可受多种因素的影响，如环境、情绪、身体健康状况等，可出现提前或推后，甚至额外排卵，因此安全期避孕并不十分可靠。
另外，月经刚刚结束时，子宫内膜尚未完全修复，此时同房可能会引起子宫腔充血，导致阴道出血、腹痛等不适，还可能将细菌带入阴道，引起上行性感染，导致子宫内膜炎、盆腔炎等妇科疾病。所以，一般建议月经干净2-3天后再同房。
需要注意的是，每个人的月经周期和排卵时间都可能不同，如果没有怀孕计划，无论在安全期还是易受孕期，都应该采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等，以避免意外怀孕。同时，也要注意性生活卫生，预防妇科疾病的发生。
对于月经不规律的女性，排卵时间难以预测，因此安全期避孕并不适合，建议使用其他可靠的避孕方法。此外，如果出现月经异常、腹痛、白带异常等症状，应及时就医，排除妇科疾病的可能。