肛裂是肛管皮肤全层裂伤后形成的感染性溃疡，常发生于肛门后位或前位。临床上，肛裂的病因主要有以下几种：
1.解剖学因素：
肛门外括约肌浅部在肛门后方形成肛尾韧带，较坚硬，伸缩性差。
肛提肌大部分附着于肛管两侧，因此肛管前部和后部不如两侧坚强，容易损伤。
肛管和直肠形成肛管直肠角，使肛管后部承受粪便压力大等都是造成肛裂的因素。
2.外伤：
慢性便秘患者，由于大便干硬，排粪时用力过猛，易损伤肛管皮肤，反复损伤使裂伤深及全层皮肤，形成慢性感染性溃疡。
3.感染：
齿状线附近的慢性炎症，如后正中处的肛窦炎，向下蔓延而致皮下脓肿，破溃而成为慢性溃疡。
肛管损伤后亦难愈合的原因至今不明，有人认为主要是损伤合并感染所致，感染时炎性细胞可以释放溶胶原酶，阻止上皮组织再生与延伸。
4.内括约肌痉挛：
肛裂患者有不正常的内括约肌过度收缩现象。
由于肛管部位损伤或炎症刺激，使肛门括约肌处于痉挛状态，致使肛管张力增强，易损伤成肛裂。
5.缺血：
肛管的血液供应是终末动脉，此动脉在受压、被牵拉、发生痉挛以及贫血等时，易出现血液循环障碍，组织营养不良，继而发生破裂。