脚指甲长肉里流脓了，可采取以下治疗方法：
1.药物治疗：在医生的指导下，使用外用抗菌药物，如莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等，或口服抗生素，如头孢呋辛酯、阿莫西林等，以控制感染。
2.局部治疗：用碘伏或酒精消毒甲沟部位，然后用消毒后的针尖挑破脓肿，引出脓液。注意不要挤压，以免炎症扩散。
3.手术治疗：如果病情严重，甲沟部位已经形成肉芽肿，需要进行手术治疗，如部分指甲切除术。
4.日常护理：保持脚部清洁干燥，避免长时间泡水或长时间走路。选择宽松透气的鞋子，避免挤压脚趾。修剪指甲时不要剪得太短，以免损伤甲沟皮肤。
5.治疗病因：如果脚指甲长肉里流脓是由于嵌甲引起的，需要治疗嵌甲的病因，如矫正指甲畸形、去除部分甲板等。
6.就医治疗：如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，医生可能会根据具体情况进行进一步的检查和治疗。
需要注意的是，在治疗期间，应避免食用辛辣刺激性食物，如辣椒、花椒等。同时，要按照医生的建议进行治疗，不要自行停药或更改治疗方案。如果出现发热、寒战等全身症状，应及时就医。