常规治疗脑血栓的药物，主要有活血化瘀、改善脑血液循环的药物。比如使用疏血通、长春西汀、前列地尔、注射用红花黄色素、丹参川芎嗪注射液等药物来改善脑血液循环，但是在药物治疗的基础上，还要根据患者的就诊时间、发病原因，选用特别的方式进行治疗。
给予患者保护脑神经功能、清除氧自由基的药物，使用依达拉奉静点治疗。如果患者是在发病的6个小时以内，没有溶栓的禁忌证，评估患者的获益和风险后要给患者使用溶栓药物进行治疗，常用的是rt-PA和尿激酶。
如果没有溶栓的适应证、禁忌证要给患者使用其他药物，比如使用抗凝的阿加曲班静点，使用降纤的巴曲酶静点，以及使用抗血小板聚集的硫酸氢氯吡格雷加上拜阿司匹灵来改善患者的症状。