16岁少女月经不规律较为常见，多与自身内分泌系统发育不完善有关。一般来说，初潮后的2~3年内，约有半数少女会出现月经不规律的情况。
生理发育因素
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴未成熟： 16岁少女的下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴尚在发育完善过程中，这个内分泌调节轴的协调功能还不稳定。例如，下丘脑分泌促性腺激素释放激素的节律可能紊乱，导致垂体分泌的促卵泡生成素和促黄体生成素比例失调，进而影响卵巢的排卵功能和雌激素、孕激素的分泌，使得月经周期不固定。身体脂肪含量影响： 脂肪是合成雌激素的原料之一，当少女体内脂肪含量过低时，会影响雌激素的合成。一般认为，体脂率需达到一定水平（通常体脂率要在17%以上）才有利于月经规律。如果少女过度节食减肥，体脂过低，就容易出现月经不规律的情况。
生活方式影响
作息不规律： 长期熬夜会打乱内分泌节律。比如，经常熬夜到凌晨1点以后，会干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能，使得激素分泌异常，从而导致月经周期紊乱。压力过大： 16岁少女可能面临学习压力等情况，长期处于高压力状态下，身体会分泌过多的皮质醇等应激激素，这会抑制下丘脑分泌促性腺激素释放激素，进而影响月经。例如，某次重要考试前精神高度紧张，之后可能出现月经推迟的情况。
疾病相关因素
多囊卵巢综合征： 虽然相对较少见，但16岁少女也可能患病。多囊卵巢综合征患者体内雄激素水平升高，会出现月经稀发、闭经等情况，同时可能伴有多毛、痤疮等表现。通过超声检查可以发现卵巢呈多囊样改变等特征。甲状腺疾病： 甲状腺功能亢进或减退也会影响月经。甲状腺激素参与身体的代谢调节，甲状腺功能亢进时，身体代谢加快，可能导致月经周期缩短、经量减少；甲状腺功能减退时，代谢减慢，可能出现月经周期延长、经量增多等月经不规律表现。