凌晨咳嗽厉害可能是以下原因导致的：
1.卧位不当：睡眠时如果采取仰卧位，可能会导致呼吸道分泌物反流，刺激咽喉部引起咳嗽。此外，若睡眠时枕头过高，也可能导致气道不畅，引起咳嗽。
2.胃食管反流：平卧时胃酸反流至食管，刺激咳嗽感受器，会引起咳嗽。此外，胃酸反流还可能导致烧心、反酸、嗳气等症状。
3.咳嗽变异性哮喘：咳嗽是咳嗽变异性哮喘的唯一或主要临床表现，多在夜间或凌晨发作或加重。患者常伴有打喷嚏、流涕、胸闷等症状。
4.上气道咳嗽综合征：除了咳嗽，患者还可能伴有鼻塞、流涕、打喷嚏、咽后黏液附着、频繁清嗓等症状。
5.其他：鼻后滴漏综合征、嗜酸性粒细胞性支气管炎、变应性咳嗽等疾病也可能导致凌晨咳嗽厉害。
如果咳嗽症状持续不缓解或伴有其他不适，建议及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。