三个月婴儿发烧38度，可采取以下方法处理：
1.减少衣物：婴儿的体温调节功能尚未发育完善，包裹过厚可能会导致体温进一步升高。因此，需要适当减少衣物，以帮助散热。
2.温水擦拭：用温水擦拭婴儿的颈部、腋窝、肘窝、腹股沟等部位，通过水分蒸发带走热量，达到降温的目的。但要注意水温不宜过高，避免烫伤婴儿。
3.补充水分：发烧会导致婴儿体内水分流失，因此需要及时补充水分，以防止脱水。可以给婴儿喂适量的温水或母乳。
4.观察病情：密切观察婴儿的病情变化，包括体温、精神状态、呼吸等。如果婴儿体温持续升高、精神萎靡、呼吸急促等，应及时就医。
5.就医治疗：如果婴儿发烧持续时间较长或体温较高，或伴有其他症状，如咳嗽、呕吐、腹泻等，应及时就医。医生会根据具体情况进行诊断，并给予相应的治疗。
需要注意的是，对于三个月以下的婴儿，发烧可能是严重疾病的表现，如肺炎、脑膜炎等，因此需要特别重视。如果对婴儿的病情有任何疑虑，应及时咨询医生。同时，在处理婴儿发烧时，应遵循医生的建议，不要自行使用退烧药或其他药物。