阴茎上的皮肤长小水泡可能是生殖器疱疹、包皮龟头炎、过敏等原因引起的，可以通过药物治疗、改善生活习惯等方式进行治疗，建议及时就医。具体分析如下：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，主要通过性接触传播。表现为阴茎上出现成群的小水泡，伴有疼痛、瘙痒等症状。可以使用抗病毒药物进行治疗，如阿昔洛韦、伐昔洛韦等。治疗期间应避免性生活，注意个人卫生，避免搔抓患处，以防感染扩散。
2.包皮龟头炎：由于包皮过长或包茎导致包皮内板分泌物不能及时清除，长期刺激龟头和包皮，引起炎症反应。表现为阴茎头和包皮内板潮红、水肿、起水疱，严重时可出现糜烂、溃疡。可以使用抗生素或抗真菌药物进行治疗，如红霉素、克霉唑等。如果存在包皮过长或包茎，应在炎症消退后进行手术治疗。
3.过敏：使用某些药物、避孕套、清洁剂等过敏物质后，可引起阴茎皮肤过敏反应，出现小水泡。应立即停止使用可疑的过敏物质，同时使用抗组胺药物进行治疗，如氯雷他定、西替利嗪等。
4.其他：阴茎上的皮肤长小水泡还可能与其他因素有关，如病毒感染、细菌感染、自身免疫性疾病等。
患者在治疗期间需要注意保持局部清洁干燥，避免搔抓和摩擦患处，以免引起感染扩散。同时应避免食用辛辣、刺激性食物，避免饮酒，以免加重病情。