小脚趾甲两瓣穿鞋疼可能与以下几种疾病有关：
1.拇外翻：拇趾在第一跖趾关节处向外侧偏斜移位，是一种复杂的解剖畸形，在穿鞋人群中的发生率较高。拇外翻畸形患者中，部分人会出现小脚趾甲两瓣的现象，由于第一跖趾关节向外侧突起，可能会挤压第二趾，导致第二趾受到鞋面的挤压，从而引起疼痛。
2.甲沟炎：多由甲沟及其附近组织刺伤、擦伤、嵌甲或拔“倒皮刺”后造成。甲下脓肿破溃后常因排脓不畅而成慢性炎症。甲沟炎初起时，指甲一侧的皮下组织发生红、肿、痛，有的可自行消退，有的却迅速化脓。脓液自甲沟一侧蔓延到甲根部的皮下及对侧甲沟，形成半环形脓肿。甲沟炎严重时疼痛剧烈，会影响穿鞋，导致小脚趾甲部位疼痛。
3.其他：小脚趾甲两瓣本身不会引起疼痛，但如果因为外伤、感染等原因导致小脚趾甲周围的组织发生炎症，也可能会引起疼痛。此外，鞋子不合适、过度运动等也可能导致小脚趾甲部位疼痛。
如果小脚趾甲两瓣穿鞋疼，建议及时就医，明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，应选择合适的鞋子，避免长时间穿高跟鞋或尖头鞋，保持脚部清洁干燥，避免感染。