同房三天后小腹痛可能是以下原因导致的：
1.盆腔炎：盆腔炎是指女性生殖器官、子宫周围结缔组织及盆腔腹膜的炎症。主要表现为下腹部疼痛、阴道分泌物增多、发热等。如果在同房时没有注意卫生，可能会导致细菌上行感染，引起盆腔炎。此外，多次人工流产、经期性生活等也可能会增加盆腔炎的发病风险。治疗盆腔炎主要使用抗生素，如头孢曲松钠、甲硝唑等。
2.黄体破裂：黄体破裂是指卵巢排卵后形成的黄体破裂出血。如果在同房时动作过于剧烈，可能会导致黄体破裂，引起腹痛。此外，黄体破裂还可能与腹部受到撞击、剧烈运动等有关。黄体破裂的治疗方法主要包括保守治疗和手术治疗。如果出血量较少，腹痛不明显，可以采用保守治疗，如卧床休息、止血等。如果出血量较多，腹痛明显，需要进行手术治疗，如腹腔镜手术或开腹手术。
3.其他：同房三天后小腹痛还可能与其他因素有关，如子宫内膜异位症、宫颈炎、膀胱炎等。
如果小腹痛持续不缓解或伴有其他症状，如发热、阴道出血等，建议及时就医，明确病因，并进行针对性治疗。此外，在同房时要注意卫生，避免动作过于剧烈，同时要注意避孕，减少意外怀孕和人工流产的发生。