后脑勺头疼的原因有多种。一般来说，长时间保持不良姿势是常见原因之一，比如长期低头看手机、电脑，可能有超过60%的人因这种姿势出现后脑勺不适。
一、肌肉紧张性头疼
颈部肌肉劳损： 长期伏案工作、睡姿不当等都可能导致颈部肌肉劳损，进而引起后脑勺疼痛。如果长时间保持同一姿势工作，每工作1 - 2小时就可能出现颈部肌肉的轻微紧张，若不缓解，就可能蔓延至后脑勺。精神压力因素： 当人处于长期高压状态时，身体会处于紧张状态，颈部肌肉也会不自觉紧绷，从而引发后脑勺头疼。长期精神高度紧张的人群，比放松人群后脑勺头疼的发生率要高约30%。
二、颈椎病引发
颈椎病变压迫神经： 颈椎病患者的颈椎间盘退变、骨质增生等病变可能压迫周围神经，当压迫到支配后脑勺区域的神经时，就会导致后脑勺疼痛。例如，有50%以上的神经根型颈椎病患者会出现头部疼痛，其中就包括后脑勺部位。颈椎生理曲度改变： 长期不良姿势会使颈椎生理曲度变直或反弓，这会影响颈部的力学平衡，进而引发后脑勺头疼。长期低头人群中，约70%会出现颈椎生理曲度的改变。
三、颅内病变导致
颅内肿瘤： 虽然颅内肿瘤引发后脑勺头疼的比例相对较低，但也不能忽视。某些颅内肿瘤生长过程中可能会刺激周围组织，引起后脑勺疼痛。一般来说，颅内肿瘤导致的后脑勺头疼会随着时间逐渐加重，且可能伴有恶心、呕吐等症状。脑膜炎： 脑膜炎是脑膜的炎症，可由细菌、病毒等感染引起。患者除了有后脑勺头疼外，还可能出现发热、颈部僵硬等症状。据统计，细菌性脑膜炎患者中约40%会有后脑勺疼痛的表现。