月经第六天颜色发黑可能是以下原因导致：
1.月经后期出血量少：月经第六天时，经血量已经减少，经血在阴道内停留时间较长，导致颜色发黑。
2.黄体功能不足：如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，可能导致月经后期出血减少，经血在子宫内停留时间过长，从而出现月经第六天颜色发黑的情况。
3.妇科疾病：某些妇科疾病，如子宫内膜炎、子宫肌瘤、子宫内膜息肉等，也可能导致月经颜色异常。
4.其他因素：如情绪波动、生活环境改变、过度节食等，也可能影响月经。
如果只是偶尔出现一次月经第六天颜色发黑，且没有其他不适症状，通常不需要特殊处理。但如果经常出现这种情况，或者伴有其他症状，如腹痛、白带异常等，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。
此外，需要注意的是，月经期间应保持良好的生活习惯，注意保暖，避免劳累和剧烈运动，保持心情愉悦，避免过度紧张和焦虑。如果有任何不适，应及时就医。同时，对于青春期少女和更年期妇女，如果出现月经异常，应及时就医，以便早期发现和治疗潜在的疾病。