小三阳和大三阳哪个更严重不能一概而论。一般来说，大三阳通常表示乙肝病毒复制活跃，传染性相对较强，但病情的严重程度不能仅依据大三阳或小三阳来判断。不过，约有30% - 50%的大三阳患者可能会发展为慢性肝炎、肝硬化甚至肝癌；而小三阳中，约有30% - 40%的人病毒处于低复制或不复制状态，病情相对稳定，但也有少部分小三阳患者病毒会活跃复制，病情同样可能进展。
从病毒载量看
大三阳： 乙肝大三阳患者体内乙肝病毒DNA载量往往较高，比如可能超过10^5拷贝/毫升，这意味着病毒复制较为活跃，传染性较强。小三阳： 小三阳患者的病毒载量差异较大，如果是病毒阴性的小三阳，病毒DNA载量可能低于检测下限；而部分小三阳患者病毒DNA载量也可能处于中等水平，但相对大三阳来说，整体复制活跃程度可能稍低一些。
从病情进展角度
大三阳： 有相当一部分大三阳患者如果不及时干预，随着时间推移，可能会逐渐出现肝功能异常，进而发展为慢性乙型肝炎，若病情持续进展，10 - 20年内有5% - 15%的人可能发展为肝硬化，一旦发展为肝硬化，发生肝癌的风险也会明显增加，每年发生肝癌的概率约为1% - 4%。小三阳： 小三阳患者中，病毒阴性的小三阳病情相对稳定，每年肝功能异常的发生率较低，进展为肝硬化和肝癌的速度相对较慢。但对于病毒阳性的小三阳患者，也有一定概率出现病情活动，同样可能逐步发展为肝硬化、肝癌，只是相比大三阳，其进展速度可能相对缓慢一些，但并非绝对安全。
从临床症状表现
大三阳： 部分大三阳患者可能没有明显症状，只是在体检时发现异常；但也有一些患者会出现乏力、食欲减退、腹胀等症状，当病情进展到肝炎活动期时，症状可能会加重，出现黄疸（皮肤、巩膜黄染）、肝区疼痛等表现。小三阳： 多数小三阳患者早期也可能没有明显症状，和大三阳一样，部分患者也是在体检中发现异常。不过，当小三阳患者病情出现变化时，比如病毒活跃复制导致肝功能受损，也可能出现类似大三阳患者的乏力、食欲差、黄疸等症状，但相对大三阳来说，出现明显症状的时间可能较晚。