3个月宝宝咳嗽，建议在医生的指导下使用以下药物：
1.止咳祛痰药：如氨溴索、氨溴特罗等，可以稀释痰液，促进痰液咳出。
2.抗生素：如果咳嗽是由细菌感染引起的，医生可能会开抗生素，如阿莫西林、头孢克洛等。
3.抗病毒药：如果咳嗽是由病毒感染引起的，医生可能会开抗病毒药，如利巴韦林、干扰素等。
4.中药：一些中药也有止咳化痰的作用，如川贝枇杷膏、小儿肺热咳喘口服液等。但需要注意的是，中药的使用需要在医生的指导下进行，避免药物不良反应。
需要注意的是，宝宝咳嗽的原因可能有很多，如感冒、肺炎、过敏等。在给宝宝用药之前，家长应该带宝宝去医院就诊，明确咳嗽的原因，并在医生的指导下选择合适的药物进行治疗。同时，家长还应该注意给宝宝多喝水，保持室内空气湿润，避免宝宝接触过敏原等。