乳房囊肿的成因较为复杂，主要与激素水平变化、乳腺结构不良以及损伤等因素相关。其中激素水平变化是较为常见的原因之一，约有50%左右的乳房囊肿与体内雌激素水平相对过高有关。
激素水平变化相关
内分泌失调引发： 女性体内的雌激素和孕激素平衡对乳腺组织起着重要调节作用。当内分泌失调时，比如长期压力大、生活不规律等情况，可能导致雌激素分泌相对过多，刺激乳腺导管上皮增生，使导管扩张形成囊肿。例如，一些长期熬夜的女性，内分泌紊乱概率增加，乳房囊肿发生风险可能升高。孕期哺乳期影响： 在孕期和哺乳期，女性体内激素水平大幅波动。孕期雌激素和孕激素水平升高，会促使乳腺腺泡和导管发育，哺乳期为泌乳做准备，若这期间乳腺导管堵塞，就容易形成囊肿，有研究显示约30%的乳房囊肿发生在孕期或哺乳期。
乳腺结构不良导致
乳腺导管扩张： 乳腺导管结构出现异常时，导管会逐渐扩张。随着时间推移，扩张的导管内会积聚一些分泌物等形成囊肿。这种情况在30 - 50岁的女性中相对多见，因为这个年龄段女性乳腺结构相对更易出现变化。腺叶增生相关： 乳腺腺叶如果发生增生，也可能影响导管的正常结构和功能，进而引发囊肿。当腺叶增生导致局部导管受压，分泌物排出不畅时，就容易形成囊肿。
损伤因素所致
外伤引起： 乳房受到外力撞击等外伤时，可能导致乳腺组织损伤，引起导管破裂，血液或组织液积聚形成囊肿。比如运动时乳房意外受到碰撞，就有可能引发乳房囊肿。医源性损伤： 一些乳腺相关的医疗操作，如不当的乳腺穿刺等，也可能造成乳腺组织损伤，从而诱发乳房囊肿。虽然这种情况相对较少见，但也需引起注意。