儿童碘缺乏会带来多方面危害。儿童碘缺乏时，首先对生长发育影响显著，比如会导致身高增长受限，有研究显示，碘缺乏的儿童平均身高可能比正常儿童低3~5厘米。
对神经系统发育的影响
智力发育迟缓： 碘是甲状腺激素的重要组成成分，甲状腺激素对儿童神经系统发育至关重要。碘缺乏会使甲状腺激素合成不足，影响儿童的智力发育，可能导致儿童的智商比正常儿童低10~15个百分点。听力障碍： 严重碘缺乏的儿童还可能出现听力障碍，影响其与外界的沟通交流。
对甲状腺的影响
甲状腺肿大： 儿童碘缺乏时，甲状腺会代偿性增生肿大，也就是我们常说的大脖子病。在一些碘缺乏地区，儿童甲状腺肿大率可达到10%~20%。甲状腺功能减退： 长期碘缺乏会进一步发展为甲状腺功能减退，儿童会出现精神萎靡、食欲减退、嗜睡等症状，严重影响身体代谢和各器官功能。
对生长发育其他方面的影响
体格发育迟缓： 除了身高受影响外，碘缺乏还会影响儿童的骨骼发育，导致骨骼成熟延迟，使得儿童的整体体格发育落后于正常儿童。免疫力下降： 碘缺乏会影响儿童的免疫系统功能，使儿童更容易患上各种感染性疾病，如呼吸道感染等，发病频率比正常儿童高出2~3倍。