怀孕3个月肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕3个月时，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫周围的韧带，引起肚子隐隐作痛。这种疼痛通常是轻微的，而且是间歇性的，不会伴有阴道流血等异常情况。
2.胃肠道不适：怀孕后，体内激素水平的变化可能会影响胃肠道的功能，导致胃肠道不适，如腹胀、腹痛等。此外，孕妇的饮食习惯、运动量等也可能会影响胃肠道的功能，引起肚子隐隐作痛。
3.先兆流产：如果肚子隐隐作痛同时伴有阴道流血、腰酸等症状，可能是先兆流产的表现。需要及时就医，进行保胎治疗。
4.其他原因：如阑尾炎、盆腔炎、子宫肌瘤等疾病，也可能会引起肚子隐隐作痛。但这些情况通常还会伴有其他症状，如发热、恶心、呕吐等。
如果肚子隐隐作痛持续时间较长或伴有其他异常症状，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血常规等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇在孕期要注意休息，避免过度劳累，保持良好的心态，注意饮食卫生，避免食用辛辣、刺激性食物。