怀孕3个月时肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕3个月时，子宫开始增大，以适应胎儿的生长。这个过程中，子宫可能会出现偶尔的隐痛或不适感。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，连接子宫的韧带也会被拉伸，可能会引起腹部轻微的疼痛。
3.消化问题：怀孕期间，消化系统的功能可能会受到影响，例如消化不良、便秘等，也可能导致腹部不适。
4.情绪压力：怀孕期间，情绪压力可能会导致腹部肌肉紧张，引起疼痛。
5.其他原因：如宫外孕、先兆流产、子宫肌瘤等，也可能导致腹部疼痛。但这些情况通常会伴有其他症状，如阴道出血、剧烈腹痛等。
如果疼痛持续或加重，或伴有其他不适症状，如阴道出血、发热、恶心、呕吐等，应及时就医，进行详细的检查，以确定疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。
在怀孕期间，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。保持良好的饮食习惯，多吃富含营养的食物，避免食用辛辣、刺激性食物。同时，应注意个人卫生，保持心情愉悦，定期进行产前检查，以确保自身和胎儿的健康。如果对腹部疼痛有任何疑虑或担忧，应及时咨询医生的意见。