三个月宝宝干呕，可能由以下原因引起，治疗方法如下：
1.生理因素：
胃食管反流：宝宝的胃容量较小，且呈水平位，贲门口较松弛，吃奶后容易出现胃食管反流，导致干呕。喂奶后应及时拍嗝，将胃内气体排出，可有效缓解干呕症状。
咽部刺激：宝宝的咽部较为敏感，当受到外界刺激时，如冷空气、烟尘等，容易引起干呕。保持室内空气清新，避免刺激物对宝宝咽部的刺激，可预防干呕。
过度喂养：如果宝宝吃得过多或过急，容易导致胃部胀满，引起干呕。喂奶时应注意控制奶量和喂奶速度，避免过度喂养。
2.病理因素：
上呼吸道感染：宝宝上呼吸道感染时，咽部会出现炎症，受到刺激后容易引起干呕。同时，还可能伴有咳嗽、流涕、发热等症状。可在医生的指导下使用药物进行治疗。
消化不良：宝宝消化系统尚未发育完善，容易出现消化不良的情况。消化不良时，宝宝可能会出现干呕、腹胀、腹泻等症状。可在医生的指导下使用益生菌等药物进行调理。
其他：胃炎、胃溃疡等疾病也可能导致宝宝干呕。如果宝宝干呕症状持续时间较长或伴有其他异常症状，应及时就医，明确病因，进行针对性治疗。
此外，家长还应注意观察宝宝的精神状态、食欲、睡眠等情况，如有异常应及时就医。同时，要保持宝宝的口腔清洁，及时清理口腔内的分泌物，避免感染。