对神经系统的影响
对成人的影响：持续39℃高烧不退可能会影响神经系统功能，引起头痛、头晕等症状。严重时可能导致惊厥，尤其是儿童，但成人也可能出现意识模糊等情况。从生理机制来看，高热会使大脑细胞代谢加快，氧耗增加，若持续时间较长，可能干扰神经细胞的正常电生理活动，影响神经递质的平衡等。例如有研究表明，高热状态下神经元细胞膜的稳定性受到破坏，离子通道功能异常，进而影响神经信号的传导。
对特殊人群的影响：对于老年人，本身神经系统功能有所减退，39℃高烧不退更易导致认知功能短暂或长期的损害，如出现记忆力下降、反应迟钝等情况，因为老年人的神经细胞修复能力较弱，高热对其神经系统的不良影响更难恢复。而对于有神经系统基础疾病的患者，如癫痫患者，高热可能诱发癫痫发作，因为高热会改变大脑的内环境，触发癫痫病灶的异常放电。
对心血管系统的影响
对成人的影响：高烧时，人体代谢率增高，心脏需要加快跳动来满足机体的氧供需求，这会增加心脏的负担。可能出现心率加快的情况，长期或持续的心率过快可能导致心脏功能受损。从病理生理角度分析，高热会使外周血管扩张，心脏泵血需要克服的阻力改变，同时机体的交感-肾上腺髓质系统兴奋，释放肾上腺素等激素，进一步加重心脏的负担，可能引发心肌缺血等问题。
对特殊人群的影响：对于有基础心血管疾病的患者，如冠心病患者，39℃高烧不退会使心脏的耗氧量进一步增加，而原本冠心病患者的冠状动脉供血已经存在一定程度的不足，此时就更容易诱发心绞痛发作，甚至可能导致心肌梗死等严重心血管事件。老年人的心血管系统功能相对较弱，对高热引起的心血管系统变化的耐受性更差，更易出现心力衰竭等严重并发症。
对呼吸系统的影响
对成人的影响：持续高烧时，呼吸频率可能会加快，以增加肺通气量来满足机体对氧的需求。但长时间的呼吸加快会使呼吸肌疲劳，同时高热会使呼吸道黏膜充血、水肿，影响呼吸道的通畅性，容易导致痰液黏稠不易咳出，进而引发呼吸功能障碍，如出现呼吸困难等症状。例如，高热可导致气道分泌物增多，纤毛运动减弱，痰液排出困难，从而增加肺部感染的风险。
对特殊人群的影响：儿童的呼吸系统发育尚不完善，39℃高烧不退时更易出现呼吸急促、喘憋等情况，因为儿童的气道相对狭窄，高热引起的呼吸道变化对其呼吸功能的影响更为明显。对于患有慢性呼吸系统疾病的成人，如慢性阻塞性肺疾病患者，高热会加重病情，使气道痉挛加重，通气功能进一步下降，导致缺氧和二氧化碳潴留的情况更严重。
对机体代谢的影响
对成人的影响：高烧时，机体的代谢率显著增高，蛋白质、脂肪、碳水化合物的分解代谢加速，会导致机体出现消瘦、乏力等情况。因为高热状态下，身体消耗大量能量，而如果不能及时补充营养物质，就会出现负氮平衡等代谢紊乱情况。同时，高热还会影响水盐代谢，可能导致脱水、电解质紊乱等问题，如出现低钠血症、低钾血症等，进一步影响机体的正常生理功能。
对特殊人群的影响：对于儿童，由于其正处于生长发育阶段，39℃高烧不退会严重影响其代谢平衡，可能导致生长发育迟缓，因为生长发育需要稳定的代谢环境，高热打乱了正常的代谢节奏，影响营养物质的吸收、利用和储存。对于老年人，本身代谢功能就有所减退，39℃高烧不退会使代谢紊乱的情况更为严重，更容易出现营养不良等问题，而且恢复起来相对困难。
对免疫系统的影响
对成人的影响：短期的高热可能会在一定程度上刺激免疫系统，使免疫细胞的活性暂时增强，但持续39℃高烧不退则会抑制免疫系统的功能。因为高热会影响免疫细胞的正常功能，如巨噬细胞的吞噬能力、T淋巴细胞和B淋巴细胞的免疫应答等都会受到抑制，从而使机体的抵抗力下降，更容易遭受病原体的侵袭，导致继发感染等情况。例如有研究发现，高热环境下免疫细胞内的酶活性改变，影响了细胞的正常免疫功能。
对特殊人群的影响：对于免疫力本身就较低的人群，如艾滋病患者，39℃高烧不退会进一步削弱其免疫系统功能，使病情加重，更容易出现各种机会性感染。而对于接受免疫抑制治疗的患者，如器官移植术后患者，高热不退会使原本就受到抑制的免疫系统雪上加霜，增加感染的风险，而且感染后病情可能更难控制。