功能性消化不良可根据不同证型选择相应中成药，如肝胃不和型可选用柴胡疏肝丸；脾胃虚弱型可选用参苓白术散；饮食积滞型可选用保和丸等。
一、肝胃不和型
多因情志不遂，肝失疏泄，影响脾胃运化所致。主要表现为胃脘胀痛、痛连两胁、嗳气、情绪抑郁等。柴胡疏肝丸有疏肝理气、和胃止痛的作用，适用于此类患者。该证型在中青年人群中较为常见，尤其是长期精神压力大、情绪易波动者。
二、脾胃虚弱型
多由饮食不节、劳累过度等损伤脾胃阳气，导致脾胃虚弱。表现为胃脘隐痛、腹胀、食少、倦怠乏力等。参苓白术散能健脾益气、和胃渗湿，对脾胃虚弱型功能性消化不良有较好疗效。常见于体质较弱、饮食不规律的人群。
三、饮食积滞型
因暴饮暴食，食滞胃脘，脾胃运化失常引起。症状有胃脘胀满、嗳腐吞酸、厌食、大便不爽等。保和丸可消食导滞、和胃健脾，适合饮食积滞型患者。此类人群多有近期暴饮暴食史。对于功能性消化不良患者，除了药物治疗，还应注意保持良好的心态，避免精神紧张；合理饮食，定时定量，避免过饥过饱及食用辛辣、油腻、刺激性食物；适当进行运动，如散步等，有助于改善症状。儿童患功能性消化不良时，应优先考虑非药物干预，如调整饮食结构等，一般不轻易使用中成药，需在医生指导下谨慎选择。