三个月婴儿拉肚子，可能是正常的生理现象，也可能是由疾病引起的。如果拉肚子的同时，还伴有其他症状，如发热、呕吐、腹痛、精神萎靡等，应及时就医。以下是一些应对方法：
1.观察婴儿的症状：如果婴儿拉肚子的次数不多，精神状态良好，食欲正常，可以先观察一段时间，看看症状是否会自行缓解。
2.调整饮食：如果是母乳喂养的婴儿，母亲应注意饮食，避免吃辛辣、油腻、生冷的食物。如果是人工喂养的婴儿，可以适当减少奶量，增加喂奶的次数，或者将奶冲稀一些。
3.补充水分：婴儿拉肚子会导致体内水分流失，应及时补充水分，可以给婴儿喂一些白开水、口服补液盐等。
4.注意腹部保暖：婴儿的腹部容易受寒，应注意保暖，可以用热水袋或热毛巾敷在婴儿的腹部，但要注意温度不要过高，以免烫伤婴儿。
5.服用药物：如果婴儿拉肚子的症状比较严重，应在医生的指导下服用药物，如蒙脱石散、双歧杆菌四联活菌片等。
6.就医治疗：如果婴儿拉肚子的症状持续时间较长，或者伴有其他严重症状，应及时就医，进行相关检查和治疗。
需要注意的是，三个月的婴儿身体比较娇嫩，用药需要谨慎，应在医生的指导下使用。同时，要注意保持婴儿的臀部清洁干燥，避免发生尿布疹。如果婴儿出现脱水症状，如皮肤干燥、眼窝凹陷、尿量减少等，应及时就医。