三个月婴儿拉肚子，可能是正常的生理现象，也可能是由疾病引起的。以下是一些建议：
1.观察婴儿的症状：如果婴儿拉肚子的同时，没有其他异常症状，比如发热、呕吐、腹痛等，且精神状态良好，体重增长正常，那么可能是正常的生理现象，不需要过于担心。这种情况下，可以继续观察婴儿的情况，注意保持婴儿的臀部清洁干燥，避免发生尿布疹。
2.调整饮食：如果婴儿是母乳喂养，母亲应该注意自己的饮食，避免食用辛辣、油腻、生冷等刺激性食物。如果婴儿是人工喂养，可以考虑更换奶粉品牌或调整奶粉的冲泡比例。
3.补充水分：婴儿拉肚子可能会导致体内水分流失，因此需要及时补充水分。可以给婴儿喂适量的白开水或口服补液盐，以防止脱水。
4.注意腹部保暖：婴儿的腹部容易受寒，因此要注意保暖。可以给婴儿穿上肚兜或使用热水袋热敷腹部，但要注意温度不要过高，避免烫伤婴儿。
5.服用药物：如果婴儿拉肚子的症状比较严重，比如出现了发热、呕吐、腹痛等症状，或者精神状态不佳，体重增长缓慢，那么可能是由疾病引起的，需要及时就医。医生可能会根据婴儿的具体情况，开具一些药物进行治疗，比如蒙脱石散、双歧杆菌四联活菌片等。
6.就医治疗：如果婴儿拉肚子的症状持续时间较长，或者出现了其他异常症状，那么应该及时就医。医生会对婴儿进行详细的检查和诊断，并根据具体情况制定相应的治疗方案。
需要注意的是，由于婴儿的身体比较娇嫩，对药物的耐受性和反应性也与成人不同，因此在给婴儿服用药物时，应该严格按照医生的建议进行，不要自行增减药量或更换药物。同时，在给婴儿服用药物时，应该注意药物的副作用和不良反应，如果出现异常情况，应该及时就医。