治疗灰指甲常用的药物主要有外用抗真菌药和口服抗真菌药。一般来说，外用药物适合症状较轻的患者，而口服药物效果相对更明显，但需要注意药物的副作用等问题。
外用抗真菌药
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部外用的抗真菌药物，通过干扰真菌细胞膜的合成来发挥作用。每周使用1 - 2次即可，一般坚持使用几个月可能会有较好的效果。不过，使用时要注意涂抹均匀，而且对于指甲增厚严重的情况，可能单独使用效果有限。环吡酮胺乳膏：也属于外用抗真菌药，能抑制真菌的生长。可以直接涂抹在病甲周围的皮肤上，每天使用1 - 2次。但它对病甲内部真菌的杀灭作用相对较缓慢，需要长期坚持使用。
口服抗真菌药
伊曲康唑：是一种常用的口服抗真菌药物，它可以间歇冲击疗法使用。例如，每月连服7天，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它能较好地抑制真菌的繁殖，但服用期间需要定期监测肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬：同样是口服抗真菌药，一般每天服用一次，连续服用的时间相对伊曲康唑较短，通常手指甲灰指甲需要连续服用6 - 12周，脚趾甲灰指甲需要连续服用12 - 16周。不过，也需要注意可能出现的胃肠道不适等副作用，以及对肝功能的影响，用药期间也要定期检查肝功能。
综合治疗情况
对于灰指甲的治疗，有时候会采用外用和口服药物联合治疗的方式。比如，外用药物先软化病甲，然后配合口服药物，这样可以提高治疗效果。但在治疗过程中，要注意保持足部或手部的清洁干燥，避免再次感染真菌。同时，不同患者的病情严重程度不同，治疗效果也会有差异。一般来说，经过规范的抗真菌治疗，大多数灰指甲患者可以逐渐恢复，但需要有足够的耐心，因为指甲生长比较缓慢，新的健康指甲长出来需要一定的时间，通常手指甲完全更新需要3 - 6个月，脚趾甲完全更新则需要6 - 12个月甚至更长时间。