指甲盖凹凸不平可能是营养不良、真菌感染、扁平苔藓、银屑病甲等原因所致，可以通过改善饮食、药物治疗、物理治疗等方式进行改善，建议及时就医，具体分析如下：
1.营养不良：长期饮食不规律、挑食、节食等，可能会导致体内缺乏维生素、矿物质等营养物质，从而引起指甲盖凹凸不平。患者可以通过改善饮食结构，多吃一些富含维生素、矿物质的食物，如蔬菜、水果、肉类、蛋类等，同时还可以在医生的指导下服用多维元素片、维生素D滴剂等药物进行治疗。
2.真菌感染：指甲感染真菌后，可能会导致指甲变形、增厚、变色、凹凸不平等。患者可以在医生的指导下使用抗真菌药物进行治疗，如酮康唑乳膏、盐酸特比萘芬乳膏等。如果病情比较严重，还可以口服抗真菌药物，如伊曲康唑胶囊、氟康唑胶囊等。
3.扁平苔藓：扁平苔藓是一种皮肤黏膜慢性炎症性疾病，可能会导致指甲出现纵嵴、纵沟、点状凹陷等症状。患者可以在医生的指导下使用糖皮质激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，如泼尼松龙片、他克莫司软膏等。
4.银屑病甲：银屑病是一种常见的慢性炎症性皮肤病，可能会导致指甲出现顶针样凹陷、甲板增厚、变色、脱落等症状。患者可以在医生的指导下使用角质促成剂、角质松解剂等药物进行治疗，如卡泊三醇软膏、他卡西醇软膏等。如果病情比较严重，还可以口服维A酸类药物，如阿维A胶囊、异维A酸软胶囊等。
患者在治疗期间需要注意保持指甲清洁卫生，避免长时间泡水，同时还可以适当食用一些富含蛋白质、维生素的食物，如鸡蛋、牛奶、苹果、橙子等，避免食用辛辣、油腻、刺激性的食物，如辣椒、油炸食品、烧烤等。