月经干净后两天进行性行为，一般不会怀孕。
通常情况下，排卵日一般为下次月经来潮前14天左右，排卵日前5天及后4天为排卵期。在排卵期同房，怀孕的几率比较大。而月经刚干净时，通常处于安全期，此时进行性行为，怀孕的几率较小。但需要注意的是，女性的排卵时间可能会受到情绪、环境等因素的影响，出现提前或推迟的情况，因此安全期避孕的方法并不可靠。
此外，如果女性的月经周期不规律，或者存在其他影响排卵的因素，如多囊卵巢综合征、卵巢功能早衰等，那么安全期避孕的方法就更不可靠了。因此，如果没有怀孕的计划，建议采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。同时，也应该注意性生活卫生，避免感染性传播疾病。
对于月经周期不规律的女性，或者有怀孕需求的女性，可以通过测量基础体温、使用排卵试纸、B超监测等方法，来了解自己的排卵情况，从而选择合适的受孕时间。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果对怀孕或避孕有任何疑问，建议咨询医生或专业的医疗机构。