肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，可由肛管直肠周围脓肿破溃或切开引流后形成。肛瘘的病因主要有以下几点：
1.感染：肛管直肠周围脓肿破溃或切开引流后，管道形成。
2.肛周脓肿：是导致肛瘘的主要原因之一。
3.直肠肛门损伤：外伤、吞咽金属硬物、会阴因意外受伤，或分娩时会阴侧切，感染后可引起肛瘘。
4.会阴部手术：内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可引发肛瘘。
5.结核：吞咽结核菌可引起溃疡性结肠炎，并发肉芽肿，与肛瘘相似。
6.克罗恩病：与肛瘘并存。