肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来的。据统计，约有80%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或经切开引流后形成的后遗症。
肛周感染引发
肛腺感染： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及细菌的侵入，引发肛腺炎。若炎症得不到及时控制，感染可蔓延至肛管直肠周围间隙，进而形成脓肿，脓肿破溃后就可能发展为肛瘘。比如，长期腹泻导致肛窦反复受刺激，就容易引发肛腺感染。直肠炎蔓延： 直肠发生炎症时，炎症若累及肛管周围组织，也有可能逐渐形成肛瘘。一些患有溃疡性直肠炎的患者，就存在较高的肛瘘发生风险。
特殊疾病因素
克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性肠道疾病，可累及胃肠道各部位。当累及肛管直肠时，容易出现肛周病变，进而引发肛瘘。患者除了肛瘘表现外，还可能伴有腹痛、腹泻等肠道症状。结核杆菌感染： 由结核杆菌引起的肛管直肠周围感染，也可能导致肛瘘。这类肛瘘往往发病较为缓慢，症状相对不典型，需要通过相关检查来明确诊断。
医源性因素
手术损伤： 在肛门直肠部位进行手术时，如果操作不当，比如肛瘘手术处理不恰当、直肠周围脓肿切开引流位置不准确等，都可能导致肛瘘形成。例如，肛瘘切除术时若对瘘管处理不完全，就容易复发形成新的肛瘘。内镜检查损伤： 虽然概率较低，但在进行肠镜等内镜检查时，若操作粗暴，也可能造成肛管直肠损伤，进而引发感染形成肛瘘。不过这种情况相对少见，但也需要引起重视。