咀嚼时耳根疼可能与以下原因有关：
1.颞下颌关节紊乱：这是一种常见的口腔疾病，主要表现为颞下颌关节的疼痛、弹响和张口受限等。咀嚼时，咀嚼肌的运动可能导致颞下颌关节受到牵拉和刺激，从而引起耳根疼痛。
2.耳部感染：耳部感染，如中耳炎、外耳道炎等，可能导致耳部疼痛，并且在咀嚼时疼痛可能会加重。
3.肌肉紧张或损伤：咀嚼时过度用力或长时间咀嚼可能导致咀嚼肌紧张或损伤，从而引起耳根疼痛。此外，颈部肌肉的紧张或损伤也可能牵涉到耳根部位，导致疼痛。
4.神经痛：三叉神经痛、耳大神经痛等神经病变可能引起耳根区域的疼痛。
5.其他原因：智齿冠周炎、口腔肿瘤、颞下颌关节强直等也可能导致咀嚼时耳根疼。
如果出现咀嚼时耳根疼的症状，建议及时就医，进行详细的口腔检查和评估，以确定具体的原因。医生可能会根据症状、体征和相关检查结果，制定相应的治疗方案。
需要注意的是，对于一些严重的疾病，如口腔肿瘤等，早期症状可能不明显，如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如听力下降、面瘫等，应及时就医，以免延误病情。此外，保持良好的口腔卫生习惯，避免过度咀嚼和单侧咀嚼，也有助于预防咀嚼时耳根疼的发生。如果疼痛严重影响生活，可在医生的指导下使用止痛药缓解症状。