蘑菇中毒的症状因蘑菇种类不同而有所差异。一般来说，误食毒蘑菇后，短时间内就可能出现症状，通常在几小时内发病。
胃肠型中毒症状
胃肠道刺激： 很多毒蘑菇中毒会首先出现胃肠道反应，比如恶心、呕吐比较常见。患者可能在误食后1 - 2小时内就开始呕吐，呕吐物多为胃内容物。同时还会有腹痛症状，腹痛可表现为腹部绞痛，疼痛部位不固定，有的患者还会伴有腹泻，腹泻次数可能较多，一天可达数次至十几次，大便多为水样便。潜伏期较短： 胃肠型中毒的潜伏期相对较短，一般在食用毒蘑菇后0.5 - 6小时内就会出现上述胃肠道不适症状。
神经精神型中毒症状
神经兴奋表现： 部分毒蘑菇中毒会引起神经精神症状，比如误食含有毒蝇碱的毒蘑菇后，可出现瞳孔缩小、多汗、流涎、流泪等症状，还可能有兴奋、躁动、幻觉等精神表现，患者会出现胡言乱语、情绪不稳定等情况。神经抑制表现： 有的毒蘑菇中毒会导致神经抑制，出现乏力、嗜睡、呼吸抑制等症状，严重时可能会影响呼吸功能，导致呼吸变浅、变慢等。潜伏期不定： 神经精神型中毒的潜伏期不太固定，一般在食用毒蘑菇后1 - 6小时左右可能出现症状，但也有的可能在数小时至十几小时后才表现出来。
溶血型中毒症状
贫血表现： 误食含有马鞍菌等可导致溶血型中毒的蘑菇后，一般在食用后6 - 12小时出现症状。首先会出现溶血相关表现，如贫血，患者面色苍白，可伴有头晕、乏力等症状。黄疸等表现： 随后可能出现黄疸，皮肤和巩膜发黄，还可能有血红蛋白尿，尿液颜色像酱油色一样。同时还可能有肝脾肿大等情况。
肝损伤型中毒症状
初期类似胃肠型： 肝损伤型中毒的初期可能有类似胃肠型中毒的表现，在误食后1 - 2天内出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状，此时容易被忽视。后期肝损伤严重： 之后会进入假愈期，但很快就会出现肝、肾、脑、心等多器官损害，以肝脏损害最为严重，患者会出现黄疸、肝功能异常，如转氨酶升高等，严重时可导致肝坏死，还可能出现昏迷等危及生命的情况。其潜伏期较长，一般在食用毒蘑菇后1 - 4天左右开始出现明显的肝损伤相关症状。