肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，主要侵犯肛管，很少涉及直肠，中医也称之为“肛漏”。其原因主要有以下几点：
1.感染：肛管直肠周围脓肿破溃或切开多在肛窦肛腺感染化脓后引起，所以肛窦炎、肛腺感染是肛瘘形成的主要原因。
2.直肠肛门损伤：来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，都可导致肛瘘。
3.会阴部手术：内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染均可引发肛瘘。
4.结核：吞咽结核菌，可引起肠道结核，也可导致肛瘘。
5.溃疡性大肠炎：连累直肠和肛管，可导致肛瘘。
6.克罗恩病：连累回肠末端与邻近右侧结肠，也可导致肛瘘。