肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。
肛周感染因素
肛腺感染： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及细菌的侵入，引发感染。感染可蔓延至肛腺，导致肛腺炎，炎症进一步向肛管直肠周围间隙扩散，形成脓肿，脓肿破溃后就容易形成肛瘘。据统计，约80%的肛瘘与肛腺感染有关。直肠肛管损伤： 外伤、吞咽骨头、肛门体温计检查等都可能造成直肠肛管损伤，从而使细菌侵入伤口引发感染，进而形成肛瘘。比如，肛门部位受到外力撞击导致黏膜破损，细菌就有可乘之机，引发感染后若未及时处理，就可能发展为肛瘘。
特异性炎症因素
结核性肛瘘： 结核杆菌感染是导致特异性炎症性肛瘘的重要原因之一。结核杆菌可侵犯肛管直肠，引起结核性脓肿，脓肿破溃后形成肛瘘。这类肛瘘的特点是病程较长，瘘管往往比较复杂，治疗相对困难。克罗恩病： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位，当累及肛管直肠时，也容易引发肛瘘。克罗恩病导致的肛瘘通常病情较为顽固，容易复发，且常伴有腹痛、腹泻等肠道症状。
其他因素
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易发生各种感染。肛管直肠部位的感染不易控制，一旦发生感染就较易发展为肛瘘，而且糖尿病患者肛瘘术后伤口愈合也相对较慢，复发的风险较高。免疫功能低下者： 长期使用免疫抑制剂、患有艾滋病等导致免疫功能低下的人群，对感染的抵御能力减弱，肛管直肠周围容易发生感染，进而形成肛瘘。例如，艾滋病患者由于免疫系统被破坏，发生肛周感染后更易发展为肛瘘，且病情往往较为严重。