乳糖不耐受会给人体带来多方面危害。据统计，全球约有75%的成人存在乳糖不耐受情况。
营养吸收方面的危害
影响钙等矿物质吸收： 乳糖是钙等矿物质的良好载体，乳糖不耐受时，乳糖不能被充分消化吸收，会影响钙的吸收，长期可能导致骨质疏松风险增加。比如儿童若长期乳糖不耐受，可能影响骨骼正常发育，因为钙是骨骼发育的重要元素。阻碍其他营养物质吸收： 除了钙，一些维生素等营养物质的吸收也会受牵连。乳糖不耐受导致肠道对营养的消化吸收功能紊乱，使得维生素B族等的吸收也受到影响，进而可能出现身体乏力、代谢缓慢等情况。
肠道功能相关危害
引起肠道不适症状： 乳糖不耐受者摄入含乳糖的食物后，未消化的乳糖进入大肠，被肠道细菌发酵，产生气体，导致腹胀、腹痛。一般摄入含乳糖食物后1 - 3小时内就可能出现这些不适，严重时还会有腹泻症状，粪便多为黄色稀便，次数不等。破坏肠道菌群平衡： 未消化的乳糖在肠道内被细菌分解，会改变肠道内的微生态环境，破坏原本正常的菌群平衡。有益菌的生长可能受到抑制，有害菌相对增多，进一步加重肠道功能紊乱，出现更频繁的肠道不适反应。
对生长发育的潜在危害（针对儿童）
影响身高增长： 儿童处于生长发育关键阶段，乳糖不耐受导致钙等营养吸收不足，会影响骨骼的正常生长，进而阻碍身高的增长。如果儿童长期乳糖不耐受，身高增长可能低于正常同龄儿童的平均水平。制约智力发育： 营养物质吸收不良还可能对儿童的智力发育产生潜在影响。因为一些营养成分是大脑发育所必需的，缺乏这些营养会干扰神经细胞的正常发育和功能，可能使儿童在认知、学习等方面的发展受到一定限制。