13岁阴茎短小可能与以下因素有关：
1.遗传因素：阴茎的大小与遗传有一定关系。如果家族中有人阴茎较小，那么自己的阴茎也可能较小。
2.发育迟缓：如果在青春期前，阴茎发育迟缓，可能会导致阴茎短小。
3.肥胖：腹部脂肪过多会使阴茎看起来较小，因为过多的脂肪会掩盖一部分阴茎。
4.其他因素：一些疾病，如睾丸发育不良、雄激素缺乏等，也可能导致阴茎短小。
需要注意的是，13岁的男孩正处于青春期，阴茎还会继续发育。如果对阴茎的大小感到担忧，可以咨询医生。医生会进行详细的身体检查，并根据具体情况给出建议。
此外，对于13岁的男孩来说，关注阴茎的大小并不是最重要的，更应该注重以下方面：
1.保持良好的生活习惯，如均衡饮食、适量运动、充足睡眠等，有助于身体的正常发育。
2.避免过度自慰，自慰过度可能会影响阴茎的发育。
3.注意个人卫生，保持阴茎清洁，预防感染。
4.培养健康的心理，避免过度关注自己的身体，树立正确的价值观。
如果对自己的身体发育有任何疑虑或担忧，最好咨询专业的医生或健康专家，他们可以提供个性化的建议和指导。同时，也要尊重每个人的身体差异，不要因为阴茎大小而产生自卑或焦虑情绪，保持积极健康的心态同样重要。