手指甲有凹陷可能是营养不良、扁平苔藓、银屑病、甲癣等原因所致，可以通过饮食调整、药物治疗、手术治疗等方式进行改善，建议及时就医，具体分析如下：
1.营养不良：长期挑食、偏食可能会导致体内缺乏维生素、蛋白质等营养物质，从而引起手指甲有凹陷。患者可以通过调整饮食结构，多吃一些富含维生素、蛋白质的食物，如蔬菜、水果、鸡蛋、牛奶等，同时还可以遵医嘱服用多维元素片、维生素C咀嚼片等药物进行治疗。
2.扁平苔藓：扁平苔藓是一种皮肤黏膜慢性炎症性疾病，可能与免疫因素、感染因素、内分泌因素等有关。患者可能会出现手指甲有凹陷、皮肤有丘疹等症状。患者可以在医生的指导下使用糖皮质激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，同时还可以配合光疗、激光治疗等物理方法进行改善。
3.银屑病：银屑病是一种慢性炎症性皮肤病，可能与遗传因素、环境因素、免疫因素等有关。患者可能会出现皮肤红斑、鳞屑、瘙痒等症状，同时还可能会导致手指甲有凹陷。患者可以在医生的指导下使用卡泊三醇软膏、他卡西醇软膏等药物进行治疗，同时还可以配合紫外线光疗、光化学疗法等物理方法进行改善。
4.甲癣：甲癣是由皮肤癣菌感染甲板所致，可能与直接接触患者的皮肤或甲板、长期穿不透气的鞋子等因素有关。患者可能会出现指甲增厚、变色、凹陷等症状。患者可以在医生的指导下使用阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺乳膏等药物进行治疗，同时还可以配合口服药物进行治疗，如伊曲康唑胶囊、特比萘芬片等。
患者在治疗期间需要注意个人卫生，保持皮肤清洁，避免与他人共用毛巾、拖鞋等物品。同时还需要注意饮食清淡，避免食用辛辣、油腻、刺激性的食物，如辣椒、花椒、大蒜等。