手指甲出现凹陷，可能是以下原因引起：
1.营养不良：当身体缺乏维生素、钙、铁等营养物质时，可能会导致手指甲营养不良，出现凹陷、变薄等症状。此外，消化系统疾病、肝病等也可能影响营养吸收，导致手指甲凹陷。
2.真菌感染：灰指甲（甲癣）是由真菌感染引起的，甲板会出现增厚、变色、变形等症状，严重时可能导致指甲凹陷。
3.扁平苔藓：这是一种皮肤和黏膜的慢性炎症性疾病，手指甲或脚趾甲可能会出现凹陷、纵嵴、变色等症状。
4.银屑病：银屑病患者的指甲可能会出现点状凹陷，同时还可能伴有指甲增厚、变色、分离等症状。
5.湿疹：手部湿疹可能导致指甲出现小凹陷，同时还可能伴有皮肤瘙痒、红肿、脱屑等症状。
6.其他原因：外伤、频繁美甲、接触化学物质等也可能导致手指甲凹陷。
如果发现手指甲有凹陷，建议及时就医，进行相关检查，以明确原因。医生可能会建议进行以下检查：
1.血常规、微量元素检查：了解身体是否缺乏营养物质。
2.真菌镜检、培养：排查真菌感染。
3.皮肤镜检查：有助于诊断扁平苔藓、银屑病等疾病。
4.其他检查：根据具体情况，医生可能会安排其他检查，如肝功能检查等。
针对不同原因引起的手指甲凹陷，治疗方法也有所不同。以下是一些常见的治疗方法：
1.补充营养：根据检查结果，适量补充维生素、钙、铁等营养物质。
2.抗真菌治疗：如果是真菌感染引起的，需要使用抗真菌药物进行治疗。
3.治疗原发疾病：针对扁平苔藓、银屑病等原发疾病进行治疗。
4.避免诱因：避免接触化学物质、频繁美甲等，保持手部皮肤湿润。
5.其他治疗：根据具体情况，医生可能会采取局部用药、光疗等方法进行治疗。
需要注意的是，手指甲凹陷的原因较为复杂，如果自行用药治疗，可能会延误病情。因此，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。同时，保持良好的生活习惯，如均衡饮食、充足睡眠、避免过度劳累等，有助于促进指甲的健康。