宝宝衣原体感染后可能出现多种症状。一般来说，宝宝衣原体感染后，眼部可能出现症状，比如约10 - 14天潜伏期后，可能出现眼结膜充血、有较多分泌物等情况，开始是单眼发病，之后可能累及双眼。
呼吸道感染症状表现
咳嗽特点： 宝宝衣原体感染呼吸道时，多为长期慢性咳嗽，一般咳嗽时间可持续数周甚至更久。起初可能是干咳，之后可能会有少量痰液。伴随表现： 可能伴有低热或者不发热，精神状态一般相对还好，但也可能影响食欲，出现吃奶量减少等情况。
泌尿生殖系统症状情况
新生儿感染： 如果是新生儿衣原体感染泌尿生殖系统，多在出生后2 - 12周发病，可能出现尿道炎症状，如尿道有黏液性或者脓性分泌物，排尿时可能有哭闹等表现。婴幼儿感染： 女婴可能出现阴道炎、宫颈炎等情况，表现为阴道分泌物增多，外阴可能有发红等表现；男婴可能出现尿道炎相关症状。
其他可能症状
全身表现： 部分宝宝可能出现全身不适，比如烦躁不安等情况。另外，衣原体感染还可能引发一些并发症，像眼部感染严重时可能影响视力，呼吸道感染严重时可能导致肺炎等，不过肺炎相对是比较少见但严重的并发症。