衣原体感染后，不同部位感染症状有所不同。男性感染衣原体时，可能出现尿道炎症状，如发病后1-3周左右出现尿道刺痒、轻重不一的尿频、尿急、尿痛和排尿困难等，尿道常有黏液性或黏液脓性分泌物，量少，部分患者晨起时会发现尿道口有少量分泌物结成的痂膜封住尿道口或污染内裤。女性感染衣原体后，宫颈是主要感染部位，多数患者无症状，有症状者主要表现为阴道分泌物增多，呈黏液脓性，性交后出血，还可能出现尿急、尿频等尿道感染症状。
泌尿生殖系统感染症状
男性泌尿生殖系统衣原体感染：除了上述尿道相关症状，还可能引发附睾炎，表现为附睾肿大、疼痛、触痛明显，部分人伴有阴囊水肿等。女性泌尿生殖系统衣原体感染：除了宫颈和尿道症状，还可能累及盆腔，引起盆腔炎，出现下腹部疼痛、发热、阴道异常出血等症状，严重时可能导致输卵管粘连、阻塞，影响生育，增加异位妊娠的发生风险。
眼部感染症状
沙眼衣原体可引起眼部感染，导致沙眼。急性期症状包括眼红、眼痛、异物感、多量黏液或脓性分泌物等；慢性期可能出现眼睑内翻、倒睫、角膜混浊等，严重影响视力，甚至导致失明。
呼吸道感染症状
肺炎衣原体可引起呼吸道感染，多见于儿童和青少年。起病缓慢，早期有上呼吸道感染症状，如咽痛、声音嘶哑等，随后出现咳嗽，多为干咳，可持续数周，部分患者可能伴有发热、乏力、头痛等全身症状。