宝宝半夜发烧可能由多种原因引起，其中最常见的是感染因素，比如病毒感染，像呼吸道合胞病毒、流感病毒等引起的感染，有数据显示儿童病毒感染导致发热的情况较为普遍。
感染性因素导致
病毒感染：多种病毒入侵宝宝体内会引发发热，像感冒病毒常导致宝宝呼吸道感染从而半夜发烧，除了引起发热，还可能伴有咳嗽、流涕等症状。细菌感染：比如肺炎链球菌等细菌感染，也会让宝宝半夜发烧，可能还会出现咳嗽加重、精神萎靡等表现。
非感染性因素导致
环境因素：室内温度过高或给宝宝穿盖过多，都可能引起半夜发烧，一般调整合适的室内温度和减少穿盖后，体温能有所下降。自身免疫性疾病：虽然相对少见，但像幼年特发性关节炎等自身免疫性疾病，也可能导致宝宝半夜发烧，往往还会有关节肿痛等其他表现。
其他可能情况
接种疫苗反应：宝宝接种某些疫苗后，也可能在半夜出现发烧情况，一般是轻度发热，1 - 2天内多能自行缓解。脱水：宝宝摄入水分不足导致脱水，也可能引起体温调节紊乱而半夜发烧，同时可能伴有尿量减少等表现。